Rapid detection of clarithromycin resistant Helicobacter pylori strains in Spanish patients by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism.
Introduction. The aim of this study was to characterize the mutations types present in the 23S rRNA gene related to H. pylori clarithromycin-resistance strains in Spain and evaluate a novel PCR-RFLP method for detection of the most frequent point mutation in our population. Methods. Gastric biopsies...
| Publicado en: | Revista Española de Quimioterapia Vol. 24; no. 1; pp. 32 - 37 |
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| Autores principales: | , , , |
| Formato: | Artículo |
| Publicado: |
Sociedad Espanola de Quimioterapia
mar2011
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| Sumario: | Introduction. The aim of this study was to characterize the mutations types present in the 23S rRNA gene related to H. pylori clarithromycin-resistance strains in Spain and evaluate a novel PCR-RFLP method for detection of the most frequent point mutation in our population. Methods. Gastric biopsies were obtained by endoscopy from patients with gastric symptoms. H. pylori was cultured according to standard microbiological procedures and clarithromycin resistance was determined by E-test. DNA extraction was performed by NucliSens platform with the NucliSens magnetic extraction reagents (bioMérieux) according to the manufacturer instructions. Analyses for point mutations in 23S rRNA gene strains were performed by sequence analysis of amplified polymerase chain reaction products. Restriction fragment length polymorphism was performed using BsaI enzyme to detect restriction sites that correspond to the mutation (A2143G). Results. We found 42 out of 118 (35.6%) strains resistant to clarithromycin by E-test. E-test results were confirmed for the presence of point mutation in 34 (88.1%) of these strains. Mutation A2143G was found in 85.3% of the strains. Analyses with the restriction enzyme BsaI was able to confirm the presence of A2143G mutation. There were 8 H. pylori strains resistant to clarithromycin by E-test but without any point mutation in the 23 rRNA gene. Conclusions. We conclude that PCR-RFLP is a reliable method to detect clarithromycin-resistance H. pylori strains in countries with a high prevalence of clarithromycin-resistance as Spain It may be useful before choosing regimens of H. pylori eradication. Objetivo. Determinar la presencia de mutaciones en el gen 23S rRNA que dan lugar a resistencia a claritromicina en aislamientos clínicos de Helicobacter pylori y evaluar un método nuevo de PCR-RFLP para detectar la mutación más frecuente en nuestra población. Métodos. A partir de biopsias gástricas obtenidas de pacientes sintomáticos, H. pylori fue cultivado acorde con los procedimientos microbiológicos establecidos. La resistencia a claritromicina fue determinada fenotípicamente mediante E-test. La extracción de DNA fue realizada con la plataforma NucliSens, que se basa en la extracción de DNA mediante partículas de sílice magnética siguiendo las instrucciones del fabricante. Para detectar las mutaciones puntuales en el gen 23S rRNA se analizó la secuencia de los productos amplificados por PCR. La PCRRFLP fue realizada usando la enzima BsaI para detectar la mutación en la posición 2143 que da lugar a resistencia a claritromicina. Resultados. Un total de 42 cepas fueron resistentes a claritromicina. Los resultados de E-test fueron confirmados por PCR en 34 (88.1%) de las cepas. Hubo 8 cepas de H. pylori resistentes a claritromicina por E-test donde no se encontró ningún punto de mutación en la secuencia del gen 23S rRNA. La mutación A2143G fue encontrada en el 85.3%. La enzima BsaI fue capaz de detectar esta mutación en todas las cepas que la tenían. Conclusiones. PCR-RFLP es un método fiable para detectar la resistencia a claritromicina en cepas de H. pylori, en especial en países con alta prevalencia como España. Este estudio sugiere que esta prueba puede ser útil antes de elegir el tratamiento erradicador. |
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